结构化阅读的方法首先不同于自然阅读法。所谓自然阅读法，是指通过认识单词，尤其是生词以及专业名词，来理解短语和句子，进而理解段落和整篇文章。这种方法的一个必然推理是，阅读之所以不好，是因为单词量不够。支持这个观察的事实是：总是在学术文章中遇到不认识的单词，所以阅读当然就不好。但是，
自然阅读的另外一个推论是，单词即使足够，句子不理解也不行，因此需要恶补英文语法以及长难句。长难句分析当然是重要的，它的主要作用在于克服长句阅读的心理恐惧。但人们常常把长难句分析变成语法分析，结果长句的语法是清楚了，该句的核心意思却还不清楚。诚然，由while, whereas, although等词所引导的句子，句子本身的核心就在其对比中，但对于其他的长句，它们的核心意思却不是孤立表达于该句本身;事实上，并不存在一个惟一判断标准，来确定到底什么语法成分决定了句子最重要的信息。相反，长句的核心是在一个语境中也就是在上下句的相互联系中存在，因此是在写作者的意图中，而不是在句子的语法中存在。
自然阅读法的第三个说法是，多读就足以练好阅读。多读的说法听起来当然不错;问题在于效率。考生需要在很短的时间之内训练出解题能力，为此需要训练对解题常考逻辑关系的理解。除了时间的限制，多读作为一种解决方案的缺陷还在于，也许多读是从来解决不了核心问题的。这个结论令人震惊，但却是事实。考虑两种情况：1. 读了50篇GRE/GMAT文章，答案都记住了，文章的翻译也看了，背景知识也查了，花了很多心思去记忆;2. 读了20篇GRE/GMAT文章，文章的句子之间的逻辑关系都分析清楚了，甚至可以跟考友讲明白。哪种情况下，考生更容易在GRE/GMAT考试中取得好成绩?答案不会令掌握学术英文思维的人惊讶：第二种。为什么呢?GRE/GMAT阅读是以英文为基础的学术逻辑考试，不是以专业背景为噱头的歧视非此专业考生的考试。背景知识与文章翻译，统统是不必要的，虽然翻译若干篇可以让译者本人确定自己的确是明白了一些。主张多读的朋友要仔细了：多读永远正确，但我们需要知道自己读的时候以什么为重心。学术文章阅读的重点是体现于上下句和上下段的逻辑推理，而不是每个孤立的句子内部的孤立的生词或专业名词。在错误的道路上奔跑，勤奋得令人崩溃。
自然阅读法的第四个常见说法是多记，记住的文章信息越多，做题就做得越好。这也是一个符合直觉的错误策略：一篇文章所有单词的总和也不等于是文章的核心信息;事实上，多记是记不住所有单词的，能够在2-3分钟阅读一篇文章以后记住的只能是认知上敏感的生词，比如生词，或者最后几个词。自然阅读法的第五个也是最后一个误区是读懂。有时读者恰好熟悉所读篇目的基本背景，结果就会带着自己的知识去对应和理解、有时甚至不惜以自己掌握的既有知识来扭曲文章中的逻辑链条。阅读考查的是作者写了一些什么和怎么写的;而不是考读者认为某个问题是怎么样的。因此，读者在阅读学术文章时，不能先行带入自己的知识。读得越懂，在做题时还可能越不仔细，放弃回原文定位，错题反而比那些没有读懂的文章的错题更多，这也就并不奇怪了。
将以上自然阅读法的五个问题一一取非，就是结构化阅读法的基本立场：认识单词不等于理解文章;读懂长句不等于把握逻辑结构;多读不足以把握文章逻辑，把握文章甚至不必以篇数取胜;阅读文章记忆的标靶要集中于少数目标;“读懂”往往带来理解偏差。虽然由于自然阅读法是人类认知配置的基本阅读“方法”，因此很难消除，也由于中国的学术传统中缺乏处理科学推理的思维方式，再加上以往的中文阅读的纠缠于字词本身的传统，更增加了改变视角的难度，但是，掌握了结构逻辑分析的方法，好处是巨大的，受益是终生的，值得所有优秀的青年学子尝试。
GRE/GMAT结构化阅读解决的主要问题是掌握学术文章中的逻辑思路。逻辑思路不会直接在文章中用实际意义的词汇、尤其生词来表达，而是用一些基本的套路词，以及学术推理的常用词汇，这些词汇在几乎任何一篇文章中都是存在的。这一主张适应于GMAT、GRE、LSAT的考试文章，也许在经过一定调整后，也适应于所有英文的学术文章。
与通常从单词基础、到句子理解、再到段落和文章的中心大意的猜测和回忆这样的从下到上的阅读路径相反，结构化阅读是从上到下的取向。这种方法从文章的整体和写作意图出发，以演绎的方式，推断和推测段落的结构关系，再从段落的首句，按照总分结构的思维，推断和推测段内若干句子的逻辑关系和词汇提炼的核心，再到段内的中间句子层面，仅仅看重那些由对比和让步转折等语言形式写成的句子。
这种思路与通常的阅读“方法”的对立，不是它存在的原因，而是它本身的一个副产品。结构法之所以先从文章整体出发，是因为学术文章的主题是先行的。作者先有了写作的基本图像，然后才展开写作。阅读者虽然不能像写作者本人那么清楚，但是至少可以按图索骥，找到文章的核心路线图。自然阅读法好像一个人闯进了单词的密林，然后陷在了沼泽地。结构阅读法好像一个人带着地图和指南针走进了有时明亮有时幽深的树林，沿着最直的道路前进，顺利抵达终点，然后向树林外的人讲述旅途的精彩。明亮的地带是结构性的句子，包括首末句、转折句和态度句，幽深的地带是专业细节句子，尤其是那些专属于某个学科的纯证据描述，甚至包括专业名词以及在中间句子出现的哪怕是不认识的动词和形容词。
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