伦敦玛丽女王大学于1915年加入伦敦大学，其历史可追溯到1785年建立的被誉为英格兰医学院之父的伦敦皇家医学院。
1885年，玛丽皇后学院（Queen Mary College）建立。
1882年，斯特菲尔德学院（Westfield College）建立。
1915年，玛丽皇后学院加入伦敦大学集团。
1989年，玛丽皇后学院与斯特菲尔德学院合并组成玛丽皇后和斯特菲尔德学院（Queen Mary and Westfield College）。
1995年，该学院兼并了两所著名的医学院，分别是建立于1843年的圣巴塞洛缪（St Bartholomew’s）医学院和建立于1785年的伦敦皇家医学院（London Hospital Medical College）。
2012年，退出1994大学集团，加入罗素大学集团。
2013年，玛丽皇后和斯特菲尔德学院正式更名为伦敦玛丽女王大学（Queen Mary University of London）。
2014年，伦敦玛丽女王大学开始颁发自己的学位证书，同时仍属于伦敦大学集团。
伦敦玛丽王后大学的校名出自于英国国王乔治五世的王后，特克的玛丽（全名维多利亚·玛丽·奥古斯塔·路易斯·奥尔加·保琳·克劳丁·阿格尼斯）。玛丽王后的雍容典雅、幽默脱俗，以及她世界性的眼光为世人所称颂，因此除了伦敦玛丽王后大学以外，香港玛丽医院、特里斯坦-达库尼亚玛丽王后峰等等也以她的名字命名。
由于queen一词在汉语中也有女王的意思，中国地区时常会有将其误译为玛丽女王、女皇、皇后的情况。
2000年时，该校在使用伦敦大学玛丽王后学院（Queen Mary, University of London）的同时保留玛丽王后和西田学院（Queen Mary and Westfield College）的名称。2013年，该校已将官方校名改为伦敦玛丽王后大学（Queen Mary University of London）。